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重慶醫藥工業研究院成立于1950年，是西南地區主要從事化學藥物研究開發的專業研究開發的高科技型企業。2001年，作為重慶市首批改制科研院所之一，由上海復星醫藥產業發展有限公司與重慶化醫控股（集團）公司合資組建成立重慶醫藥工業研究院有限責任公司(以下簡稱“重慶醫工院”)。2019年9月，重慶藥友制藥有限責任公司全資控股重慶醫工院。

重慶醫工院被認定為國家級高新技術企業、國家級企業技術中心（復星醫藥所屬）、國家知識產權優勢企業、重慶市創新型企業、重慶市化學制藥工程技術研究中心、重慶市新型藥物遞釋系統工程技術研究中心、重慶市博士后科研工作站。